Intanto, negli anni 1193-1194, era podestà di Novara Jacobus Maynerio, un eminente e quotato personaggio politico che rivestì mandato podestarile anche a Genova e Piacenza. Nessuno storico si arroga la presunzione di ritenere che Jacobus Maynerio abbia fondato il borgo che, come si è visto, già esisteva come borgo San Leonardo e godeva del " privilegium burgi". Certamente la crescita della popolazione aveva determinato la costruzione di un nuovo "borgo" vicino al preesistente "Borgo San Leonardo ", destinato ad inglobare il vecchio insediamento. Nel secolo XII si verificò il passaggio della proprietà delle terre del borgo dal vescovo di Novara ai Conti di Biandrate e, nel 1202, al Comune di Novara in base alla convenzione che quest'ultimo "deve tenere, possedere ed avere Borgo franco, il Borgo San Leonardo... e gli uomini abitanti di detti luoghi e tutta la terra che è dentro i fossati". Avamposto di Novara sulle strade del lago di San Giulio e della Valsesia, Borgomanero era destinata a diventare, con il declino dell'età feudale, in cui non poteva certo valere i presidi di Cureggio e di Briga che circondavano la spianata su cui sorgeva, capoluogo di una vasta zona. L'economia borgomanerese si incentrava sull'agricoltura, sull'artigianato ad essa connessa e sul commercio. Tutte queste attività potevano spesso creare conflitti con il Capitolo di San Giulio, che possedeva per concessione di Ottone I, lo ricordiamo, territori circostanti al "borgofranco". Spesso le uniche cronache di questi secoli riguardano proprio casi di divergenze giurisdizionali con i canonici di San Giulio o con la pieve di Cureggio. La storia di questo periodo rimane comunque legata alle vicissitudini di Novara, che dominava un vasto territorio in cui sorgevano, però, numerose fortezze, in grado di rappresentare una costante minaccia. Durante le lotte intestine fra i "rotondi", capeggiati dai Tornielli, e i "sanguigni", con a capo i Brusati, Lambertenghi e Cavallazzi, Novara subiva anche gli interessamenti dei Torriani e dei Visconti. A causa di questi conflitti andranno distrutti molti castelli e fortilizi (quelli di Gattico, Briga, Vergano, Boca e Maggiate, per esempio). Nel 1311, poi, Galeazzo I Visconti espugna e smantella il castello di Cureggio, uno tra quelli che godeva di maggior prestigio, riducendo la pieve a un misero villaggio: molti dei suoi abitanti si trasferirono così nella contigua Borgomanero. Tra i privilegi dei borghi franchi c'era quello di essere governato da un podestà e di poter tenere un mercato settimanale che a Borgomanero già esisteva "ab immemorabili", come antica era anche la fiera che si teneva il giorno di San Bartolomeo. Nel 1333 Novara passò ai Visconti (poco è dato di conoscere delle vicende del borgo nel secolo che intanto era trascorso) e così anche Borgomanero entrò a far parte del ducato milanese. Dell'importanza che Borgomanero ebbe al tempo dei Visconti si ha la chiara testimonianza negli scritti di Pietro Azario, storico dell'epoca, che abitò nel paese per qualche tempo con la sua famiglia. L'Azario parla del borgo in più luoghi nella sua "Cronaca" descrivendo anche la famosa pestilenza dell'anno 1344, che invase la Lombardia e il Piemonte e che infierì crudelmente fino all'anno 1347. L'Azario racconta come in Borgomanero per la peste perissero, in tre mesi, ben cinquecento ventisette persone, compresi donne e fanciulli. La spiegazione che lo storico dà degli eventi è la seguente: nel borgo era stanziata una numerosa guarnigione di soldati causa primaria della diffusione del morbo, a cui si aggiunse la gran quantità di neve caduta nell'anno 1339 che coprì la terra fino a tutto il mese di marzo, cosa che guastò le semine. A questo fatto seguirono scarsi raccolti che produssero, negli anni seguenti, una forte carestia e alla carestia subentrò ben presto il crudele morbo. Nel 1358 Galeazzo II ritorna in possesso di Novara dopo la breve parentesi della dominazione monferrina, ma Giovanni Il Paleologo, Marchese del Monferrato, riuscirà a sferrare la controffensiva dopo aver assoldato in Francia duemila mercenari inglesi, che, capitanati dal tedesco Alberto Sterz, devasteranno il novarese, dove nel 1361 scoppierà anche la peste. Alla partenza delle truppe mercenarie, Galeazzo ordina, nel 1364, che siano demolite tutte le fortezze del territorio, tranne quella di Borgomanero, il cui prestigio è ormai riconosciuto, anche se ecclesiasticamente non divenne sede di pieve, nonostante la rinomanza che guadagnava la sua chiesa di S. Bartolomeo.
La fonte principale cui attingere gli avvenimenti di questi anni è il Liber gestorum in Lombardia, et precipue per et contra Dominos Mediolani di Pietro Azario, notaio al servizio dei Visconti che soggiornò molti anni a Borgomanero.
Pestilenza, carestie, invasione delle locuste
L'Azario, con la sua minuziosa cronaca, fa conoscere come nell'anno 1364 un'altra sciagura si abbattesse sulla popolazione del borgo appena uscita dalla carestia e dalla peste: l'invasione delle locuste. Giunte nel cuore dell'estate in nugoli tali da oscurare il sole in pieno mezzogiorno, divorarono ogni erba, ogni foglia, ogni frutto. Al calare del sole si alzavano in volo per portare la distruzione in altri luoghi. Fu in occasione di questa calamità che la popolazione del borgo, che si era affidata all'intercessione di San Bernardo, abate di Chiaravalle, eresse l'oratorio che porta il suo nome ai piedi del colle del Colombaro. Galeazzo Visconti regnò sino al 1379 lasciando il feudo al figlio Gian Galeazzo che governò sino alla morte, avvenuta nel 1402. Il Ducato di Novara toccò per successione al figlio Filippo Maria Visconti e perciò anche le terre di Borgomanero. Nelle lotte tra i vari signori dell'epoca Filippo Maria volle premiare, per la sua fedeltà ai Visconti, il nobile Giovanni Tornielli, governatore di Pavia, investendolo, nel 1411, del feudo di Borgomanero. Con la morte del duca Filippo Maria, avvenuta nel 1447, si estinse il dominio dei Visconti in Italia.La Battaglia di Borgomanero
Nel 1412 il controllo del Novarese passò a Filippo Maria Visconti, la cui nuova politica prevedeva un progressivo distacco di Novara dai suoi possedimenti. Il feudo di Borgo Maynerio passò, su investitura del nuovo Duca, a Giovanni Tornielli di Parona, che fece atto di vassallaggio.Con la Prima Guerra Mondiale, però, si ebbe una traumatica interruzione dello sviluppo sociale ed economico, di cui abbiamo fornito solo qualche dato fra i tanti disponibili, sia per le gravi perdite subite sia per la crisi successiva al conflitto, che creò le condizioni politiche dell'ascesa del fascismo (anche se l'adesione della città al movimento fu tutt'altro che calorosa).
Proprio i fascisti, il 17 agosto 1923 sciolsero l'ultima amministrazione comunale liberamente eletta: a Borgomanero giunse un Commissario prefettizio.